Sentieon
Sentieon 开发并提供加速的生物信息学二级分析工具,用于处理基因组学数据。
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概览
Sentieon® 开发并提供加速的生物信息学二级分析工具,以高计算效率和卓越准确性处理基因组学数据。公司于 2014 年 7 月注册成立,依托在算法、软件和系统优化方面的专长,为生物信息学应用开发高度优化的算法。其与测序仪无关的二级分析软件提供 CPU(x86 与 ARM)加速的替代或改进方案,可替代 BWA-MEM、STAR、Minimap2、GATK、Mutect2 等工具,并支持大规模队列联合变异检测。公司表示其软件可在任何 Intel、AMD 或 ARM 服务器上运行,并可在本地或在线部署。
沿革
Sentieon® 于 2014 年 7 月注册成立,依托团队在算法、软件和系统优化方面的专长,为生物信息学应用开发高度优化的算法。公司自述其团队由在图像处理、电信、计算光刻、大规模数据挖掘和生物信息学领域经验丰富的专业人士组成,并致力于以精准数据赋能精准医学。其工具在多项挑战赛中获得认可,包括在 ICGC-TCGA Dream Mutation Calling Challenge(肿瘤/正常)中于所有类别(SNV、INDEL 和 SV 精度)获得第一名,在 precisionFDA Consistency Challenge(生殖系)中获得总体最佳表现和最高可重复性,以及在 precisionFDA Truth Challenge(生殖系)中获得最高 INDEL 精度和最高 SNP 召回率。
产品与定位
以精准数据赋能精准医学;提供加速、与测序仪无关、纯软件的生物信息学二级分析,兼具高计算效率与卓越准确性。
DNAscope
Sentieon DNAscope 通过改进的活跃区域检测、更强大的读段局部组装,以及为短读长和长读长测序仪引入预训练机器学习模型,提供了更高的准确性。
DNAseq 与 TNseq
用于 NGS 数据处理的 Sentieon® DNAseq® 和 TNseq® 软件工具是 BWA/GATK 的直接替代方案,并获得了 Bio-IT Innovative Practices Award。
来源4 个来源
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