开放生物信息学基金会

开放生物信息学基金会，通常称为OBF，是一个国际性的志愿者运营的非营利组织，支持生物信息学和生命科学领域开源软件的开发和可持续性。它于2001年由BioJava、BioPerl和BioPython项目之间的合作产生，随后成为开放生物信息学社区和基础设施的更广泛的保护伞。与传统商业软件公司不同，OBF为项目提供组织支持、共享服务、活动、资金援助和社区协调，这些项目的软件通常根据自由和开源原则开发和分发。 OBF的核心作用之一是帮助生物信息学项目维护分布式协作所需的技术和社会基础设施。这包括托管或支持BioJava、BioMOBY、BioPerl、BioPython、BioRuby、BioPHP和EMBOSS等项目的邮件列表、网站和代码存储库。这些项目涵盖编程语言工具包、数据和应用程序互操作性以及序列分析能力。通过支持跨不同语言和技术方法的多个项目，基金会帮助维持一个共同的开源生态系统，而不是推广单一的专有产品。 OBF还组织以开发者为中心的活动。其最著名的定期活动是生物信息学开源会议，通常与年度智能分子生物学系统会议相关联。该会议为维护者、贡献者和用户提供了一个讨论软件开发、项目治理、互操作性、社区健康以及计算生物学新兴需求的场所。基金会还组织了黑客马拉松式活动，旨在产生代码、改善项目协调，并让贡献者围绕共同的技术问题聚集在一起。 该组织作为参与生物信息学项目的保护伞组织参与谷歌编程之夏。在此身份下，它可以将学生贡献者与成熟的开源社区和导师联系起来。OBF还运营一个活动奖学金计划，旨在帮助研究人员和贡献者参加相关活动，无论是线下还是线上。该计划特别强调改善历史上在研究和开源社区中代表性不足的群体的访问机会。 OBF于2005年引入正式会员制。2012年10月，它开始与软件公共利益组织（一家美国非营利组织）建立联系，该组织协助自由和开源软件项目处理组织和财务事务。通过这种关系，对OBF的捐赠可以通过支持美国免税慈善捐赠的结构来处理。基金会由代表参与Bio*项目和更广泛社区的董事会管理。公开确认的领导者包括主席Peter Cock，以及前主席Ewan Birney和Hilmar Lapp；Steven E. Brenner也曾担任董事会成员。可用的参考资料并未确定当前完整的领导层名单、总部、运营预算或商业收入数字。

开放生物信息学基金会于2001年成立，是BioJava、BioPerl和BioPython项目合作的产物。这些项目共同需要社区协调和持久的组织框架，以支持生物信息学中的开源开发。基金会旨在支持更广泛的生态系统，而不是将各个工具商业化或整合。 在早期发展中，OBF的角色集中在帮助志愿者主导的项目协作和维护实用基础设施。其支持包括邮件列表、项目网站和源代码存储库的服务。基金会的项目组合包括BioJava、BioMOBY、BioPerl、BioPython、BioRuby、BioPHP和EMBOSS。这些举措共同代表了计算生物学中使用或开发的一系列编程语言工具包、互操作性系统和序列分析软件。 2005年引入正式会员制，使组织有了更明确的参与模式。OBF还发展了会议和活动存在，最著名的是生物信息学开源会议。该会议作为年度智能分子生物学系统会议的卫星活动组织，专注于开放生物信息学软件背后的人员和实践。其主题包括开发方法、项目维护、社区组织以及跨软件项目的协作。 基金会后来通过开发者黑客马拉松和参与谷歌编程之夏扩展了其社区发展活动。作为谷歌编程之夏的保护伞组织，OBF为学生和其他贡献者提供了在导师指导下与成熟生物信息学项目合作的途径。它还运行了一个活动奖学金计划，以减少参与相关活动的障碍。该奖学金明确强调代表性不足的群体，反映了扩大对维持开源生物信息学的技术和科学社区访问的努力。 2012年10月，OBF开始与软件公共利益组织（一家支持自由和开源软件创建和分发的美国非营利组织）建立联系。该安排使OBF能够获得非营利行政和捐赠处理支持，包括捐赠可以获得美国501(c)(3)免税待遇的机制。这种关系是基金会组织基础设施的重要组成部分，因为OBF依赖社区参与和非营利支持，而不是传统的商业商业模式。 治理由代表Bio*项目和更广泛的开放生物信息学社区的董事会提供。公开记录的领导层包括Peter Cock担任主席，Ewan Birney和Hilmar Lapp被认定为前主席。Steven E. Brenner被列为前董事会成员。参考资料未提供完整的董事会服务年表、详细的财务记录、总部位置或完全记录的当前领导结构。因此，OBF的持续身份最好被理解为一个社区保护伞组织，其主要资产是其项目、贡献者、活动和共享基础设施。

• 2012

  与软件公共利益组织建立联系

  [1]Open Bioinformatics Foundationen.wikipedia.org

  2012年10月，OBF开始与软件公共利益组织合作，支持基金会的非营利行政和捐赠处理。

• 2005

  创建正式会员制

  [1]Open Bioinformatics Foundationen.wikipedia.org

  OBF为参与基金会引入了正式的会员结构。

• 2001

  基金会成立

  [1]Open Bioinformatics Foundationen.wikipedia.org

  开放生物信息学基金会由BioJava、BioPerl和BioPython项目产生，以支持生物信息学中的开源开发。

一个非营利的保护伞和社区基础设施组织，致力于开源生物信息学，强调协作软件开发、互操作工具、开发者参与以及更广泛的生命科学计算参与。

• Java生物信息学工具包

  BioJava

  一个用于Java生物信息学编程的开源工具包。它是基金会更广泛的Bio*社区相关项目之一，并说明了OBF对用于处理和分析生物数据的特定语言库的支持。

• Perl生物信息学工具包

  BioPerl

  一个基于Perl的生物信息学工具包，也是基金会发展的项目之一。BioPerl为生物数据处理提供可重用的软件组件，并帮助建立了OBF所代表的跨项目社区。

• Python生物信息学工具包

  BioPython

  一个用于计算生物学和生物信息学的Python工具包。BioPython是基金会支持的项目生态系统的一部分，也已在OBF治理中代表。

• Ruby生物信息学工具包

  BioRuby

  一个用Ruby实现的开源生物信息学工具包，包含在通过OBF社区和基础设施模型支持的项目中。

• PHP生物信息学工具包

  BioPHP

  一个面向PHP的生物信息学项目，包含在基金会社区支持的开源工具组合中。

• 生物信息学Web服务互操作性

  BioMOBY

  一个专注于通过Web服务连接生物数据和应用程序的项目。它代表了OBF对互操作性和分布式访问生物信息学能力的兴趣。

• 序列分析工具包

  EMBOSS

  一个开源序列分析工具包，列在基金会支持的项目中。其包含反映了OBF对用于生物序列研究的实用软件的支持。

• 开发者会议

  生物信息学开源会议

  OBF的年度开发者导向会议，也是智能分子生物学系统会议的卫星会议。它汇集了贡献者和用户，讨论开源生物信息学软件、项目开发和社区问题。

• 谷歌编程之夏保护伞组织

  International

  OBF通过作为生物信息学相关项目的保护伞组织参与谷歌编程之夏，协调参与社区的导师和贡献者项目。

  结果. 该计划为贡献者提供了在开源生物信息学软件上工作的结构化入门途径。

  来源
• 活动奖学金计划

  International

  OBF为参加相关活动的研究人员和贡献者提供财务或参与援助，包括线上或线下参与，特别关注代表性不足的群体。

  结果. 该计划旨在扩大对开放生物信息学会议和社区活动的访问。

  来源

• 2012

  与软件公共利益组织建立联系战略

  背景

  OBF需要非营利组织和捐赠处理支持，以开展其开源社区活动。

  采取的行动

  2012年10月，基金会开始与软件公共利益组织（一家支持自由和开源软件的美国非营利组织）建立联系。

  后续影响

  该联系使得捐赠处理能够通过支持美国501(c)(3)免税慈善捐款的结构进行。

  来源

1. 1Open Bioinformatics Foundationen.wikipedia.org
2. 2Open Bioinformatics Foundation official websiteopen-bio.org