SIB瑞士生物信息学研究所

SIB瑞士生物信息学研究所是一个致力于生物和生物医学数据科学的学术非营利基金会。它成立于1998年，联合了瑞士各地的生物信息学活动，并为研究人员、临床医生、教育工作者、公共当局和其他生命科学用户提供基础设施。其工作涵盖基因组学、蛋白质组学、转录组学、结构生物学、系统生物学、进化生物学、群体遗传学、环境生物信息学、影像学、生物物理学和临床生物信息学。 该研究所源于20世纪90年代中期围绕Swiss-Prot和瑞士EMBnet节点的资金危机。日内瓦和洛桑五个生物信息学小组的负责人提出了一个永久性机构框架，以支持长期数据库维护、软件开发和研究协调。瑞士政府在建立跨学科卓越中心的更广泛背景下提供了种子资金。随后，SIB作为一个非营利基金会成立，并发展了一种混合资助模式，结合了联邦支持、竞争性研究资助、机构贡献、配套资金和合作收入。 SIB的核心作用之一是创建、维护和传播开放生物数据资源。其ExPASy门户汇集了SIB团队和附属成员开发的数据库和软件工具。该研究所关联或支持的主要资源包括：用于注释蛋白质序列的Swiss-Prot和UniProtKB、用于蛋白质相互作用网络的STRING、用于蛋白质结构同源建模的SWISS-MODEL、用于比较基因组学的OrthoDB和OMA相关资源、用于跨物种基因表达信息的Bgee、用于生化反应的Rhea、用于细胞系知识的Cellosaurus、用于脂质生物学的SwissLipids、用于微生物谱分析的mOTUs以及用于病原体进化追踪的Nextstrain。 SIB还提供数据科学和生物信息学服务，包括复杂生物数据集的整合与协调、不同实验技术产生的数据分析、科学工作流支持以及定制软件平台的开发。其合作伙伴包括大学、医院、生物技术公司、制药公司和公共当局。通过合作项目和公私合作伙伴关系，该研究所为精准医学、癌症研究、传染病监测、生物多样性和流行病防范等领域做出贡献。 协调是另一个核心功能。SIB参与国家基础设施如BioMedIT，并与瑞士个性化健康网络合作。它还协调或参与国际倡议，包括涉及癌症、心血管疾病、肥胖、免疫谱分析和病原体数据的项目。2024年，SIB启动了病原体生物信息学中心，以支持病原体基因组学、数据整合和未来疫情防范。该研究所协调病原体数据网络，这是一个由美国国立卫生研究院支持的全球倡议。 教育和公众参与扩展了SIB超越研究基础设施的使命。SIB成员参与大学课程、专业培训和瑞士生物信息学博士培训网络。该研究所还推广FAIR原则——使数据可发现、可访问、可互操作和可重用——并通过科学博览会、在线出版物、互动教育项目和诸如Genome Jumper移动游戏等倡议向更广泛的受众传播生命科学概念。SIB仍然是一个分布式的瑞士网络，约有200名员工和约700名附属成员，在包括日内瓦、洛桑、巴塞尔和苏黎世的主要学术中心工作。

SIB瑞士生物信息学研究所是为了应对瑞士生物信息学基础设施对稳定机构支持的需求而创建的。在20世纪90年代，Swiss-Prot蛋白质数据库和瑞士EMBnet节点依赖于长期融资不确定的研究小组。1996年影响Swiss-Prot的重大资金危机促使日内瓦和洛桑五个生物信息学小组的负责人——罗恩·阿佩尔、阿莫斯·拜罗赫、菲利普·布赫、维克多·容格内尔和曼努埃尔·佩奇——提议建立一个国家研究所。 创始人的提议与瑞士政府鼓励在科学和经济重要领域建立跨学科卓越中心的努力相一致。种子资金使该研究所于1998年3月30日作为非营利基金会成立。其结构旨在结合联邦援助、竞争性资助、配套资金和其他收入，因为在适用的资助框架下，公共支持只能覆盖组织支出的一部分。 自成立以来，SIB结合了四项功能：研究、开放数据库和软件的开发与运营、教育和培训，以及生物信息学基础设施的协调。维克多·容格内尔担任首任主任，随后是欧内斯特·费特曼斯。创始人物之一罗恩·阿佩尔随后领导该组织直至2022年。SIB并非作为传统的集中式公司运营，而是发展为一个分布在瑞士各大学和其他学术机构的研究小组联合会。 该研究所的资源组合从其早期的蛋白质序列和网络基础设施根源扩展。ExPASy成为数据库和工具的门户，而Swiss-Prot及其整合到UniProtKB成为注释蛋白质序列的重要来源。SIB附属小组还开发或维护了蛋白质相互作用、结构预测、比较基因组学、直系同源、基因表达、生化反应、细胞系、脂质、微生物群落和病原体进化等资源。这些资源通常强调开放获取、科学策展、互操作性和长期保存。 SIB的活动进一步扩展到应用数据科学和国家协调。它开始为学术和工业合作伙伴提供数据协调、整合、分析和定制软件服务。该研究所参与了涉及精准医学、生物医学数据互操作性、癌症、免疫学、生物多样性和传染病的倡议。在瑞士，它参与了瑞士个性化健康网络，并协调BioMedIT，这是一个旨在支持敏感生物医学数据交换和分析的安全基础设施。 教育一直是该研究所公共使命的一部分。SIB成员参与大学教学、专业课程和博士培训，而该组织推广国家生物信息学博士培训网络。它还通过科学博览会、教育网站、在线杂志和互动项目投资于公共传播。2018年，它推出了Genome Jumper移动游戏，其互动项目“进化之光”于2021年获得瑞士国家科学基金会Optimus Agora奖。 到2020年代，SIB已成为一个分布式的国家网络，约有200名员工、约700名附属成员和约90个小组，分布在包括日内瓦、洛桑、巴塞尔和苏黎世的中心。该组织作为国家重要研究基础设施获得公共支持，包括与瑞士国家教育、研究和创新秘书处相关的资助。2024年，其病原体生物信息学中心进一步强调了病原体基因组学、数据整合和流行病防范。通过病原体数据网络及相关合作，SIB继续将瑞士的专业知识与国际生命科学数据基础设施联系起来。

• 2024

  病原体生物信息学中心启动

  [2]SIB Swiss Institute of Bioinformatics official websitesib.swiss

  SIB启动了一个专门中心，支持病原体基因组学、数据整合和流行病防范。

• 2022

  罗恩·阿佩尔主任任期结束

  [1]Swiss Institute of Bioinformaticsen.wikipedia.org

  创始成员和长期主任罗恩·阿佩尔不再领导该研究所。

• 2021

  “进化之光”获得Agora奖

  [1]Swiss Institute of Bioinformaticsen.wikipedia.org

  SIB的互动进化教育项目获得瑞士国家科学基金会Optimus Agora奖。

• 2018

  Genome Jumper移动游戏发布

  [1]Swiss Institute of Bioinformaticsen.wikipedia.org

  SIB推出Genome Jumper作为移动教育游戏，旨在向更广泛的公众传播基因组科学。

• 2000

  公共科学推广开始

  [1]Swiss Institute of Bioinformaticsen.wikipedia.org

  SIB开始定期参加科学博览会和相关的公众参与活动，向非专业受众解释生物信息学和生物数据。

• 1998

  SIB成立

  [1]Swiss Institute of Bioinformaticsen.wikipedia.org

  瑞士生物信息学研究所于3月30日作为非营利基金会成立，专注于长期生物信息学基础设施和协调。

• 1996

  Swiss-Prot资金危机促使机构规划

  [1]Swiss Institute of Bioinformaticsen.wikipedia.org

  影响Swiss-Prot数据库的重大资金危机鼓励瑞士生物信息学小组负责人寻求永久的国家机构框架。

一个全国协调、国际连接的提供可信、开放和FAIR生物信息学资源、研究基础设施、数据科学服务和培训的提供者。

• 生物信息学门户

  ExPASy

  ExPASy是SIB的生物信息学资源门户。它提供对SIB团队和附属研究人员开发的广泛数据库、软件工具和分析资源的访问。该门户服务于科学家、教育工作者、学生、临床医生和其他生命科学用户，并作为策展的SIB资源的入口，涵盖蛋白质、基因组、结构、通路和其他生物数据领域。

• 蛋白质序列数据库

  Swiss-Prot和UniProtKB

  Swiss-Prot是与UniProtKB相关的手动审查和丰富注释的蛋白质序列组件。它提供关于蛋白质功能、生物学作用、序列特征和相关证据的策展信息。该资源起源于瑞士生物信息学，至今仍是该研究所对国际生物数据基础设施最著名的贡献之一。

• 蛋白质相互作用数据库

  STRING

  STRING提供已知和预测的蛋白质关联信息。研究人员使用它来检查跨物种的相互作用网络、功能关系和富集模式。它通过将蛋白质水平证据与更广泛的生物过程联系起来，支持系统生物学和功能基因组学研究。

• 结构生物学平台

  SWISS-MODEL

  SWISS-MODEL是一套用于自动化蛋白质结构同源建模的资源。它帮助研究人员在实验确定的结构不可用时生成和检查结构模型，支持结构生物学、蛋白质功能研究和计算分析。

• 病原体进化平台

  Nextstrain

  Nextstrain支持病原体进化的近实时分析和可视化。它将基因组序列与时间和地理信息联系起来，使研究人员和公共卫生用户能够研究传播模式和循环病原体种群的变化。

• 安全生物医学数据基础设施

  BioMedIT

  BioMedIT是由SIB协调的瑞士国家基础设施，旨在促进敏感生物医学数据的受控交换和分析。它旨在支持研究使用，同时满足安全处理、治理和互操作性的要求。

• 2021进化之光

  Switzerland · International

  SIB开发了一个互动网站，向公众探索进化和基因组概念。

  结果. 该项目获得瑞士国家科学基金会Optimus Agora奖。

  来源
• 2018Genome Jumper

  International

  SIB推出了一款移动游戏，旨在通过易于访问和互动的形式介绍基因组概念。

  结果. 该项目将SIB的教育推广扩展到传统研究和培训材料之外。

  来源
• 2000公共科学博览会推广

  Switzerland

  SIB开始定期参加科学博览会和其他公众参与活动，使生物信息学对非专业受众易于理解。

  结果. 该活动成为SIB持续科普和公共教育使命的一部分。

  来源

• 2024

  建立病原体生物信息学中心战略

  背景

  快速病原体基因组学分析、整合数据和流行病防范的需求创造了专门协调和基础设施的需求。

  采取的行动

  SIB启动了一个专注于病原体基因组学、数据整合和防范的中心，同时协调病原体数据网络。

  后续影响

  该研究所加强了其在传染病研究和国际流行病应对数据基础设施中的作用。

  来源

• 1998

  创建联邦制国家生物信息学基金会战略

  背景

  瑞士生物信息学小组在Swiss-Prot资金困难后，需要持久支持数据库、软件、研究和协调。

  采取的行动

  创始人将SIB建立为非营利基金会，采用分布式网络结构和混合的公共、竞争性和合作资助模式。

  后续影响

  SIB成为国家生物信息学基础设施平台和开放生物资源的长期家园。

  来源

1. 1Swiss Institute of Bioinformaticsen.wikipedia.org
2. 2SIB Swiss Institute of Bioinformatics official websitesib.swiss