蛋白质组学标准倡议

蛋白质组学标准倡议，通常缩写为PSI，是一个与人类蛋白质组组织相关的国际标准制定工作组。其目的是使蛋白质组学结果更容易在不同实验室、仪器、软件系统、期刊和公共存储库之间进行比较、交换、解释、验证，并可能重现。PSI并非作为传统商业品牌运作，而是一个由社区领导的科学标准倡议，其产出是建议、标记语言、受控词汇表、本体及相关实施指南。 该倡议解决了蛋白质组学中一个反复出现的问题：当伴随的样本、制备步骤、仪器、采集设置、计算处理、鉴定和统计处理的描述不完整或使用不兼容的术语表达时，实验结果难以一致地评估。PSI的核心回应是定义实验应伴随的信息以及以机器可读形式表示这些信息的技术机制。 其最著名的贡献之一是MIAPE，即“蛋白质组学实验最低信息”。MIAPE是一个报告框架，旨在识别理解蛋白质组学实验所需的信息，并支持可能的重现工作。指南涉及报告的内容，而非视觉布局或文件格式，后者留给相关的PSI交换格式。MIAPE也不规定实验必须如何执行；相反，它为记录所做的事情和获得的结果建立了基线。 PSI的工作通过专业工作组组织。凝胶电泳组制定了报告建议和GelML交换格式，同时处理凝胶图像信息学。样本处理组考虑了制备程序（包括色谱、毛细管电泳和更广泛的样本处理）的文档和交换要求。质谱和质谱信息学组产生或支持了包括用于仪器输出的mzML、用于肽和蛋白质鉴定结果的mzIdentML以及用于选择反应监测输入的TraML在内的格式。相关的质谱受控词汇表为这些格式提供了标准化术语。 分子相互作用组开发了PSI-MI XML及相关本体资源，以及用于描述分子相互作用实验的MIMIx指南。这些活动将PSI的范围扩展到仪器数据之外，涵盖生物关系和实验背景的一致表示。工作还涉及或考虑了研究设计、样本生成和统计分析。 PSI标准旨在支持收集或处理蛋白质组学数据的存储库和软件。倡议参考材料中描述的示例包括用于质谱数据的PRIDE、用于凝胶电泳数据的MIAPEGelDB以及ProteoRed MIAPE生成器。通过鼓励结构化沉积和更丰富的实验元数据，这些系统可以帮助研究人员重用已发表的数据，并使期刊或其他利益相关者能够要求更完整的数据可用性。因此，PSI的作用是基础设施性的：它为分布式科学生态系统提供共同语言和数据结构，而不是销售实验室产品。

蛋白质组学标准倡议在人类蛋白质组组织内作为一个专注于蛋白质组学数据和报告标准的社区出现。其工作反映了高通量蛋白质组学（尤其是质谱和凝胶方法）的发展，以及实验室需要以其他研究人员和软件能够理解的方式描述实验的需求。 该倡议计划的基础部分是MIAPE，即“蛋白质组学实验最低信息”框架。MIAPE确定了实验报告应伴随的信息类别，以便在足够的背景下解释结果，并在可行的情况下重现结果。该框架区分了必需的报告内容与用于编码这些内容的特定文件格式，并且不规定实验方法本身。 PSI将技术开发分配给处理蛋白质组学工作流程不同部分的工作组。凝胶电泳组制定了报告建议并开发了用于数据交换的GelML，同时处理图像分析文档。样本处理组解决了电泳或质谱之前的上游处理和制备阶段，包括色谱、毛细管电泳和一般样本制备。这些领域通过建议、草案和正在开发的spML格式进行了记录。 质谱成为另一个主要活动领域。PSI支持质谱实验和信息学的建议，并开发了一系列交换标准。mzML是作为早期mzData和mzXML方法的继承者和整合者而创建的，用于表示质谱仪输出。mzIdentML处理从质谱数据中鉴定肽和蛋白质的结果，而TraML表示选择反应监测的输入。质谱受控词汇表为这些表示提供了标准化术语。 分子相互作用工作组将倡议的标准工作扩展到相互作用数据。它开发了PSI-MI XML和相关本体，并发布了用于报告分子相互作用实验的MIMIx指南。与此同时，PSI确定了围绕研究设计、样本生成和统计分析的额外需求，其中一些建议在可用参考材料中被描述为计划中或开发中。 该倡议的标准已与存储库和软件工作相关联。PRIDE和MIAPEGelDB等存储库被描述为可以使用结构化报告要求来支持蛋白质组学数据的发布和重用的系统示例。ProteoRed MIAPE生成器等工具旨在帮助研究人员准备符合MIAPE相关期望的信息。PSI的更广泛意义在于为数据由不同仪器生成并由快速变化的软件处理的领域创建共享基础设施。其工作在目的上与邻近领域的最低信息倡议（包括微阵列报告标准）相当，但针对蛋白质组学和分子相互作用实验进行了定制。

• 2007

  GelML稳定版发布

  [1]Proteomics Standards Initiativeen.wikipedia.org

  用于凝胶电泳数据的GelML交换格式的稳定版本于2007年底发布。

• 作为人类蛋白质组组织工作组成立

  [1]Proteomics Standards Initiativeen.wikipedia.org

  PSI作为人类蛋白质组组织内的一个标准导向工作组建立，以改善蛋白质组学数据的比较、交换和验证。

• MIAPE的开发

  [1]Proteomics Standards Initiativeen.wikipedia.org

  该倡议开发了“蛋白质组学实验最低信息”框架，定义了无歧义解释和可能重现所需的实验信息。

• 质谱数据标准的扩展

  [1]Proteomics Standards Initiativeen.wikipedia.org

  PSI开发或支持了mzML、mzIdentML、TraML以及用于仪器数据、鉴定结果和选择反应监测工作流程的质谱受控词汇表。

• 分子相互作用标准

  [1]Proteomics Standards Initiativeen.wikipedia.org

  分子相互作用工作组开发了PSI-MI XML、相关本体以及用于报告分子相互作用实验的MIMIx指南。

一个开放的、社区导向的标准倡议，旨在使蛋白质组学和分子相互作用数据更加完整、一致、可互操作和可重用。

• 报告指南

  MIAPE

  蛋白质组学实验最低信息是一个报告框架，规定了清晰理解蛋白质组学实验并评估其发现是否可重现所需的信息。它侧重于必需内容，而不是强加特定的呈现格式或实验方案。该指南旨在提高已发表或沉积结果所附元数据的完整性和一致性。

• 质谱数据格式

  mzML

  mzML是一种用于捕获质谱仪生成数据的机器可读格式。它整合了早期的mzData和mzXML方法，旨在提供一种可以在仪器、软件、存储库和分析工作流程之间交换的通用表示。

• 质谱信息学格式

  mzIdentML

  mzIdentML表示基于质谱的肽和蛋白质鉴定结果。它提供了一种结构化的方式，在计算工具和数据存储库之间传达鉴定证据和相关的分析信息。

• 选择反应监测格式

  TraML

  TraML是用于选择反应监测输入的交换格式。它属于PSI的质谱标准系列，旨在支持研究机构和软件系统之间目标分析信息的一致传输。

• 凝胶电泳数据格式 · 2007

  GelML

  GelML是与PSI凝胶电泳工作相关的数据交换格式。它为基于凝胶的蛋白质组学实验相关信息提供了结构化表示，并补充了相应的报告建议。

• 分子相互作用数据格式

  PSI-MI XML

  PSI-MI XML是用于分子相互作用信息的交换格式。它由相关本体和术语支持，旨在使相互作用实验及其结果在数据库和分析工具中更一致地表示。

• 分子相互作用报告指南

  MIMIx

  MIMIx为描述分子相互作用实验提供了最低信息指南。它通过关注解释相互作用数据所需的实验和背景信息来补充PSI-MI XML。

1. 1Proteomics Standards Initiativeen.wikipedia.org
2. 2Proteomics Standards Initiative websitepsidev.info