蛋白质信息资源
蛋白质信息资源是一个公共生物信息学资源，为基因组和蛋白质组研究提供蛋白质序列、注释、本体论和分析数据库。
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概览
蛋白质信息资源（PIR）是一个位于美国乔治城大学医学中心的公共生物信息学资源。它通过组织蛋白质序列信息并提供数据库和计算工具，支持基因组学、蛋白质组学及更广泛的生物学研究，用于蛋白质鉴定、功能解释、分类和注释。其用户包括学术研究人员、生物医学科学家、教育工作者以及国际生命科学界的其他成员。 PIR由美国国家生物医学研究基金会于1984年成立。其基础可追溯至《蛋白质序列与结构图谱》，这是一部由玛格丽特·戴霍夫在1964年至1974年间主编的具有里程碑意义的出版物系列。戴霍夫及其同事帮助建立了比较蛋白质序列、识别远缘进化关系、识别内部重复以及从序列比对重建进化历史的计算方法。《图谱》为高分子序列数据的收集和解释提供了早期的系统基础。 1983年戴霍夫去世后，维诺娜·巴克和罗伯特·莱德利接管了该项目。由此产生的蛋白质序列数据库成为重要的国际蛋白质信息资源，后来成为PIR-国际的一部分。随着时间的推移，PIR从单纯的序列存储扩展到开发集成注释和知识资源，旨在使蛋白质信息更加一致、可搜索且具有生物学意义。 吴秋红于1999年加入美国国家生物医学研究基金会，随后在乔治城大学医学中心继续这项工作。她成为该项目的首席研究员，并自2001年起担任主任。在她的科学领导下，PIR开发或维护了包括PIRSF、iProClass、iProLINK和蛋白质本体论在内的资源。这些系统涉及蛋白质家族分类、跨数据库整合、文献关联注释以及蛋白质概念和属性的结构化表示。 PIR还在国际蛋白质数据库协调中发挥了重要作用。2002年，它与欧洲生物信息学研究所和瑞士生物信息学研究所一起参与了由美国国立卫生研究院支持的项目，创建了UniProt。该项目将PIR蛋白质序列数据库、Swiss-Prot和TrEMBL统一为一个全球性的蛋白质序列和功能信息资源。尽管UniProt后来成为一个独立的国际协调数据库，但PIR早期的数据库、注释专业知识和研究项目为该合作的科学和基础设施基础做出了贡献。 PIR的角色最好被理解为研究和知识基础设施提供者，而非传统的商业品牌。其资源主要面向开放的科学访问、蛋白质注释、数据标准化和计算解释。该组织继续与免费访问的数据库和工具相关联，旨在帮助研究人员将蛋白质序列与生物学功能、进化关系、文献和基于本体论的概念联系起来。
沿革
蛋白质信息资源的学术历史可追溯至《蛋白质序列与结构图谱》，该图谱于1964年至1974年间由玛格丽特·戴霍夫主编出版。戴霍夫及其研究小组是计算蛋白质序列分析的先驱之一。他们的工作开发了比较序列、检测远缘关系和重复片段以及利用比对研究进化历史的方法。《图谱》创建了重要的早期高分子序列信息库，并为后来的蛋白质数据库提供了概念和数据基础。 1983年戴霍夫去世后，维诺娜·巴克和罗伯特·莱德利接管了该项目的领导。1984年，美国国家生物医学研究基金会正式成立了蛋白质信息资源，以帮助研究人员识别蛋白质并解释序列数据。PIR的蛋白质序列数据库从早期的《图谱》发展而来，成为具有国际重要性的资源。通过PIR-国际及相关活动，该组织为蛋白质序列信息的共享标准和实践的发展做出了贡献。 随着蛋白质研究越来越需要不仅仅是序列检索，PIR的范围也随之扩大。其工作开始包括功能信息的组织、蛋白质家族分类、生物数据库之间的交叉引用、基于文献的注释以及用于解释蛋白质关系的计算工具。与PIR相关的资源包括PIRSF、iProClass和iProLINK，以及蛋白质本体论。这些项目共同解决了蛋白质知识的不同方面：将蛋白质分组为家族、整合跨来源的信息、将蛋白质与科学出版物联系起来，以及以结构化本体论表示蛋白质概念。 吴秋红于1999年加入美国国家生物医学研究基金会，后来在乔治城大学医学中心继续该项目。她成为首席研究员，并从2001年起担任PIR主任。她的领导与该资源持续强调注释质量、数据整合、术语和科学界广泛可访问性相关。 一个重要的机构里程碑发生在2002年，当时PIR与欧洲生物信息学研究所和瑞士生物信息学研究所合作，参与了一个由美国国立卫生研究院资助的项目，以建立UniProt。该合作将PIR蛋白质序列数据库与Swiss-Prot和TrEMBL相结合，创建了一个统一的国际蛋白质序列和功能信息资源。这一举措反映了随着基因组测序产生迅速扩大的蛋白质数据量，对协调的全球数据库的需求日益增长。 因此，PIR既是一个历史性的数据库项目，也是一个持续进行的生物信息学项目。其工作帮助将蛋白质信息从单独维护的序列集合转向集成、注释、可互操作的资源。该组织与公共科学基础设施相关，而非消费者产品或传统商业服务，其数据库和工具已向研究人员开放，没有传统付费软件品牌的定位。
- 2010
PIR资源组合包括注释和本体论服务
[1]PIR被描述为提供PIRSF、iProClass、iProLINK和蛋白质本体论等资源，反映了其在蛋白质注释和标准化方面的更广泛作用。
- 2002
PIR参与创建UniProt
[1]PIR与欧洲生物信息学研究所和瑞士生物信息学研究所合作，参与了一项由美国国立卫生研究院支持的项目，将主要的蛋白质序列数据库统一为UniProt。
- 2001
吴秋红成为主任
[1]吴秋红在担任首席研究员后，担任PIR主任。
- 1999
吴秋红加入PIR项目
[1]吴秋红加入美国国家生物医学研究基金会，后来在乔治城大学医学中心继续生物信息学项目。
- 1984
蛋白质信息资源成立
[1]美国国家生物医学研究基金会成立了PIR，以协助蛋白质序列的识别和解释。
- 1983
领导权移交给维诺娜·巴克和罗伯特·莱德利
[1]玛格丽特·戴霍夫去世后，巴克和莱德利接管了后来导致PIR项目的领导权。
- 1974
《图谱》出版系列结束
[1]《图谱》完成了为期十年的出版，保留了早期重要的精选蛋白质序列信息。
- 1964
《蛋白质序列与结构图谱》开始出版
[1]由玛格丽特·戴霍夫主编的《图谱》开始汇编全面的高分子序列集合，为后来的蛋白质信息数据库奠定了基础。
产品与定位
一个开放的、面向研究的生物信息学基础设施，专注于将蛋白质序列与功能注释、分类、文献、本体论和进化信息整合。
蛋白质序列数据库 · 1984
蛋白质序列数据库
蛋白质序列数据库是PIR的基础蛋白质信息集合。它源于《蛋白质序列与结构图谱》，为研究人员提供精选的序列信息，用于蛋白质鉴定、比较和解释。它也成为PIR对更广泛的PIR-国际网络的贡献，后来作为通过UniProt计划统一的源数据库之一。
蛋白质家族分类数据库
PIRSF
PIRSF是一个蛋白质家族分类资源，旨在根据家族关系和功能或进化相似性组织蛋白质。它通过将新鉴定的序列置于更广泛的蛋白质组中，帮助解释新鉴定的序列，帮助研究人员推断可能无法通过简单序列查找获得的关系。
综合蛋白质信息数据库
iProClass
iProClass整合了来自多个生物数据库和信息系统的蛋白质信息。其目的是将序列记录与功能描述、分类、交叉引用和相关生物学知识联系起来，为研究人员提供比孤立序列记录更广泛的背景。
蛋白质文献和注释资源
iProLINK
iProLINK将蛋白质信息与科学文献和注释联系起来。它是PIR传播和标准化功能知识努力的一部分，通过将蛋白质记录与证据和已发表的研究相关联，帮助用户将生物学解释追溯到科学文献。
生物本体论
蛋白质本体论
蛋白质本体论是一个结构化的知识资源，用于表示蛋白质相关概念和关系。它支持一致的术语和蛋白质、变体、形式和生物学属性的机器可读描述，使蛋白质知识更容易跨数据库和计算工作流程整合。
品牌决策
2002
加入国际数据库统一项目战略背景
基因组测序的增长创造了对协调的全球蛋白质序列和功能信息来源的需求，而不是多个不连贯的数据库。
采取的行动
PIR与欧洲生物信息学研究所和瑞士生物信息学研究所合作，参与了一个由美国国立卫生研究院支持的项目，将PIR蛋白质序列数据库、Swiss-Prot和TrEMBL合并为UniProt。
后续影响
该合作产生了统一的国际蛋白质资源，并将PIR的数据库和注释专业知识置于更广泛的全球基础设施中。
- 从序列存储扩展到注释和本体论战略
背景
蛋白质研究人员越来越需要标准化的功能描述、家族分类、文献链接和结构化术语，而不仅仅是原始序列记录。
采取的行动
PIR开发并维护了包括PIRSF、iProClass、iProLINK和蛋白质本体论在内的资源。
后续影响
资源组合将PIR的角色从序列数据库扩展为综合的蛋白质知识和注释基础设施。
来源2 个来源
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