Plazi

Plazi 是一家总部位于瑞士的国际非营利协会，专注于将分类学和生物多样性文献转化为持久、开放获取、机器可读的数据。其工作处于生物分类学、生物多样性信息学、数字图书馆和开放科学的交叉领域。Plazi 并非作为传统消费品牌运营，而是一个基础设施和标准导向的组织，其服务帮助研究人员、存储库、出版商和生物多样性平台重用科学出版物中的信息。 该组织的技术方法源于一项涉及美国国家科学基金会和德国研究联合会的双边数字图书馆计划，相关工作与美国自然历史博物馆和卡尔斯鲁厄大学有关。该计划探索了基于 XML 的方式来表示生物系统学文献的结构和内容。Plazi 随后开发并应用了支持对旧版和新发表的分类学文献进行语义转换的工具和模式。 这项工作的核心部分是将出版物转换为结构化的分类学处理单元：即科学论文中描述物种、属、科和其他分类实体的部分。Plazi 使用 TaxonX 模式和 GoldenGATE 半自动编辑器来标记文档并为其添加语义信息。GoldenGATE 还支持社区参与数字结构化文献的准备和增强。在后续工作流程中，分类学处理单元以 TaxPub XML 表示，使信息更适合保存、发现和计算重用。 Plazi 是生物多样性文献库的联合创始人，并通过 Zenodo 托管的存储库维护数字分类学文献。该存储库旨在提供对源自分类学出版物的 FAIR 导向数据（即可查找、可访问、可互操作和可重用的信息）的持久访问。Plazi 还为 TreatmentBank 做出贡献，这是一个用于提取、展示和分发分类学处理单元的服务和数据环境。 该组织的系统旨在将文献衍生数据与更广泛的生物多样性基础设施连接起来。分类学出版物中的分布记录可以通过 TAPIR 服务公开，并由全球生物多样性信息机构采集。处理数据还可以使用物种页面模型和达尔文核心档案进行交换，从而能够被生命百科全书和其他生物多样性信息系统等服务使用。在可用的情况下，记录可以链接到外部资源，包括 GenBank、膜翅目名称服务器和 ZooBank。 Plazi 的工作为电子分类学的更广泛发展做出了贡献，在电子分类学中，科学描述不仅限于静态文章，而是作为链接、结构化和可重用的数据对象提供。该组织还促进对科学话语和数据开放获取的认识。其在分类学文献重用方面的立场包括认为分类学处理单元在适用的版权概念下不构成文学和艺术作品，因此可能属于公共领域，同时强调科学规范要求适当引用。因此，Plazi 的影响力更多是通过分类学信息在研究界和生物多样性数据网络中的可用性、互操作性和重用来衡量，而非商业销售。

Plazi 的起源可以追溯到由美国国家科学基金会和德国研究联合会支持的合作数字图书馆计划。该计划涉及美国自然历史博物馆和卡尔斯鲁厄大学，旨在开发生物系统学文献的数字表示。一个关键成果是 TaxonX XML 模式，旨在模拟分类学出版物的结构和信息。 为了将这种方法应用于现有文献，Plazi 使用了 GoldenGATE，一种半自动编辑和标记环境。该工具使科学文档能够转换为语义增强的数字对象，而不仅仅是以页面图像或非结构化文本的形式存在。其设计还允许社区参与注释和纠正过程。这一工作流程为从旧版出版物中提取分类学处理单元和相关事实奠定了基础。 Plazi 后来将其工作从文档建模扩展到数据分发和互操作性。它开发了通过 TAPIR 服务公开分布记录的方法，允许生物多样性聚合器从分类学文献中采集信息。它还实施了物种页面模型，作为将分类学处理单元传输到第三方平台（包括生命百科全书）的手段。达尔文核心档案成为向全球生物多样性信息机构分发处理单元和发生记录相关数据的另一种重要交换格式。 该组织与新兴的电子分类学和生物多样性信息学领域相关联，在这些领域中，分类名称、描述、标本信息、分布记录和书目来源在机器可读系统中连接起来。Plazi 以处理单元为中心的方法帮助将科学描述的部分内容作为数据单元提供，这些数据单元可以独立于周围文章进行索引、链接和重用。 Plazi 是生物多样性文献库的联合创始人，并在基于 Zenodo 的存储库中维护分类学文献和相关的 FAIR 数据。其工作包括以 TaxPub XML 增强分类学处理单元，并支持 TreatmentBank 服务。这些活动旨在保存科学内容，同时提高研究人员、数据管理员、聚合器和其他用户对其的可访问性。 该组织还促进了科学话语和数据的开放获取。在版权讨论中，Plazi 坚持认为分类学处理单元不构成文学和艺术作品，因此可以作为公共领域材料自由使用和传播，同时承认科学规范要求署名和引用。这一立场是其更广泛努力的一部分，旨在使生物多样性知识在机构和技术边界之间可重用。 因此，Plazi 的历史发展最好被理解为从分类学出版物的 XML 建模到标记、存储库保存、处理单元提取和生物多样性数据交换的综合基础设施的演进。可用的参考资料并未确定具体的成立年份、具名创始人、详细的领导历史或商业所有权结构。

• 起源于国际数字图书馆计划

  [1]Plazien.wikipedia.org

  后来影响 Plazi 的技术方法源于一项由美国国家科学基金会和德国研究联合会支持的数字图书馆计划，涉及美国自然历史博物馆和卡尔斯鲁厄大学。

• TaxonX 模式的发展

  [1]Plazien.wikipedia.org

  TaxonX 被开发为一种 XML 模式，用于模拟生物系统学文献的内容和结构。

• 通过 GoldenGATE 扩展文献标记

  [1]Plazien.wikipedia.org

  GoldenGATE 成为一种半自动标记环境，用于将旧版分类学出版物转换为语义丰富的文档，并允许社区参与该过程。

• 与生物多样性数据网络集成

  [1]Plazien.wikipedia.org

  Plazi 开发了基于 TAPIR、物种页面模型和达尔文核心档案的工作流程，使文献衍生的分布记录和分类学处理单元可供包括 GBIF 和生命百科全书在内的系统使用。

• 生物多样性文献库合作

  [1]Plazien.wikipedia.org

  Plazi 成为生物多样性文献库的联合创始人，并通过 Zenodo 托管的存储库维护数字分类学文献和 FAIR 导向的数据。

开放科学和生物多样性信息学基础设施提供商，专门从事分类学文献和物种级数据的转换、保存、语义增强和传播。

• 分类学数据服务

  TreatmentBank

  TreatmentBank 是 Plazi 关联的服务和数据环境，用于从科学文献中提取、结构化、增强和分发分类学处理单元。其目的是将物种和高级分类单元的描述转化为可搜索、可链接、可保存并可提供给生物多样性信息系统的可重用数字信息。处理单元可以链接到外部资源，如名称注册库和序列数据库（如果可用）。

• 开放科学文献存储库

  生物多样性文献库

  生物多样性文献库是一个数字存储库，用于存储生物多样性和分类学出版物及其衍生的结构化数据。Plazi 被确定为联合创始人，并在 Zenodo 托管的存储库中维护分类学文献。该存储库支持研究人员、聚合器和生物多样性信息项目对 FAIR 导向的文献数据进行持久访问和重用。

• 科学文档标记工具

  GoldenGATE

  GoldenGATE 是一种复杂的半自动编辑和标记工具，用于将分类学出版物转换为语义增强的文档。它支持将基于 XML 的模型应用于旧版文献，并允许社区参与者为文档的呈现和丰富做出贡献。由此产生的结构化材料可以支持分类学处理单元和相关生物多样性数据的提取。

• 分类学 XML 标准和数据转换

  TaxonX 和 TaxPub 工作流程

  TaxonX 和 TaxPub 是用于以结构化形式表示分类学文献和处理单元的 XML 导向方法。TaxonX 被开发用于模拟生物系统学出版物，而 TaxPub 用于以标准化的 XML 表示增强提交的分类学处理单元。结合标记工具和存储库工作流程，它们使科学描述更适合计算处理和长期重用。

1. 1Plazien.wikipedia.org
2. 2Plazi official websiteplazi.org