太平洋生物科学公司
一家美国生物技术公司，开发基于单分子和测序结合技术的长读长基因测序系统。
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概览
太平洋生物科学公司（Pacific Biosciences），通常称为PacBio，是一家美国生物技术公司，开发和提供基因组分析系统、测序试剂、耗材、软件及相关服务。该公司以单分子实时测序（SMRT测序）而闻名，这是一种长读长方法，旨在观察DNA合成过程，而不是仅依赖后来需要通过计算重建的短片段。PacBio的技术已用于涉及全基因组、复杂基因组区域、结构变异、转录本异构体、微生物基因组、动植物遗传学以及其他长连续读长可改善生物序列数据解释的应用。 该公司成立于2004年，源于康奈尔大学的相关研究。该工作结合了半导体加工、光子学和生物技术。早期公司以Nanofluidics, Inc.的名义运营，后更名为Pacific Biosciences。其开发计划吸引了包括Mohr Davidow Ventures、Kleiner Perkins Caufield & Byers、Alloy Ventures和Wellcome Trust在内的投资者的巨额风险投资。PacBio于2010年10月在纳斯达克完成首次公开募股，股票代码为PACB。 PacBio的第一台商业测序仪器PacBio RS于2010年提供给有限客户群体，并于2011年初商业发布。随后是2013年的PacBio RS II和2015年的较小Sequel系统。后来的系统，包括Sequel II、Sequel IIe和Revio，旨在提高准确性、通量和运营效率，同时降低与长读长测序相关的成本和物理占用空间。客户通常购买仪器以及测序试剂和一次性SMRT Cell，后者包含用于检测单个测序反应荧光信号的零模波导阵列。 PacBio的业务还包括生物信息学。早期仪器由SMRT Analysis支持，而Sequel系列使用SMRT Link进行仪器管理、初级和次级分析以及工作流程执行。该公司还发布或支持用于基因组组装、抛光和其他序列解释形式的工具。其技术组合通过测序结合化学扩展了传统SMRT测序，该化学使用天然核苷酸，旨在提供高精度基因组分析的补充途径。 PacBio在测序市场中占据专业地位。其主要差异化在于长读长数据以及解决短读长方法可能难以处理的重复、结构复杂或其他困难基因组区域的能力。其客户包括学术和政府研究机构、制药和生物技术公司、临床实验室、农业研究人员和商业测序服务提供商。该公司与大型测序供应商和其他长读长技术开发商竞争，同时参与一个平台经常组合使用而非完全替代的市场。 2018年发生了一个重大战略事件，当时Illumina同意以现金收购PacBio。美国反垄断机构对该交易提出质疑，该交易于2020年1月被放弃。PacBio仍是一家独立的上市公司，并继续投资于更高通量的长读长平台。2022年10月，它推出了Revio系统，该系统被描述为与早期PacBio仪器相比，年人类基因组测序能力大幅提升。该公司仍然是一个活跃的基因组学技术品牌，其商业身份集中在长读长测序、高保真基因组数据以及集成的实验室和生物信息学工作流程上。
沿革
太平洋生物科学公司源于结合光子学、半导体制造和分子生物学的大学研究。与康奈尔大学研究人员（包括Watt W. Webb和Harold Craighead）相关的工作帮助建立了实时观察单个生化反应的科学基础。与该计划相关的研究人员和工程师，包括Jonas Korlach、Steve Turner和Mathieu Foquet，成为早期公司的一部分。该企业最初以Nanofluidics, Inc.的名义运营，后来以Pacific Biosciences的名称重组。 该公司追求基于零模波导的测序架构，这是一种纳米级结构，允许在低背景下检测单个DNA合成反应的荧光信号。这种方法被称为单分子实时（SMRT）测序。与首先扩增大量DNA分子群体的方法不同，该平台旨在监测单个聚合酶分子，同时它们掺入标记的核苷酸。由此产生的长读长在组装基因组和识别结构变异、重复区域以及其他难以从短序列片段重建的特征方面提供了潜在优势。 PacBio在公开募股前通过几轮主要风险融资筹集了约4亿美元。公司早期发展描述中确定的投资者包括Mohr Davidow Ventures、Kleiner Perkins Caufield & Byers、Alloy Ventures和Wellcome Trust。曾在Kleiner Perkins担任驻场企业家的Hugh Martin于2004年成为首席执行官。PacBio于2010年10月在纳斯达克进入公开市场，当时测序公司正在寻求资本以商业化日益专业化的基因组技术。 第一批PacBio RS仪器于2010年到达有限的客户群，并于2011年初商业可用。RS平台确立了公司的仪器和耗材模式：客户购买测序仪和经常性试剂供应，包括一次性SMRT Cell。GATC Biotech被选为早期的欧洲测序服务提供商。PacBio于2013年4月发布了PacBio RS II，在读长和通量方面比初始仪器有所改进。在此期间，公司还开发了分析软件，包括SMRT Analysis以及用于自动基因组组装的HGAP和用于序列抛光和完成的Quiver等工具。 Michael Hunkapiller于2012年1月接替Martin成为首席执行官。在Hunkapiller的领导下，公司继续完善SMRT平台并扩大其商业影响力。2015年9月，PacBio推出了Sequel系统。与RS II相比，Sequel旨在占用更少的实验室空间，同时提供更大的测序容量和更低的入门成本。Sequel系列随后通过后续几代扩展，包括Sequel II和Sequel IIe，在准确性、通量、仪器控制和集成分析方面有所改进。SMRT Link成为与Sequel平台相关的主要软件环境。 PacBio的发展受到测序经济性的影响。长读长系统可以生成难以通过短读长方法获得的信息，但它们需要专门的仪器、耗材、样品制备和计算工作流程。因此，该公司专注于读长连续性和准确性可以证明平台使用的应用，包括从头基因组组装、结构变异分析、转录组测序、微生物基因组学以及复杂遗传疾病的研究。其客户群包括研究机构、测序服务提供商、制药组织和农业基因组学团体。 2018年11月，Illumina宣布以约12亿美元现金收购PacBio的协议。该交易需要监管审查，因为这两家公司是DNA测序市场的重要供应商。2019年12月，美国联邦贸易委员会提起诉讼，寻求阻止该交易。双方于2020年1月放弃了该交易。Illumina后来同意向PacBio支付9800万美元的终止费，以及先前与交易相关的延期付款。PacBio因此继续作为一家独立的上市公司。 Christian Henry，前Illumina高管，后来成为PacBio董事会成员，于2020年9月Hunkapiller退休后成为首席执行官。公司继续投资于其现有的SMRT技术和额外的化学。2022年10月，PacBio推出了Revio，这是一个新的测序系统，旨在大幅提高通量，并使准确的长读长测序对于更大的项目更加实用。该公司还将测序结合描述为一种补充技术，在DNA结合和延伸过程中使用天然核苷酸和无疤痕掺入。 PacBio仍然是一家活跃的基因组学公司，其品牌与长读长测序密切相关。其业务结合了资本设备、经常性耗材、软件和应用支持。该公司与短读长测序提供商以及其他长读长技术开发商竞争，而实验室可能会根据生物学问题、所需准确性、样本类型和项目规模同时使用多个测序平台。
- 2022
Revio发布
[1]PacBio推出了Revio，这是一个更高通量的测序平台，旨在扩展准确长读长测序。
- 2020
收购协议终止
[1]在美国联邦贸易委员会寻求阻止后，拟议的Illumina收购被放弃。
- 2018
Illumina宣布收购协议
[1]Illumina同意以全现金交易收购PacBio，但需获得监管批准。
- 2015
Sequel系统发布
[1]Sequel系统以更小的仪器格式和比RS II更低的价格扩展了测序容量。
- 2013
PacBio RS II推出
[1]PacBio发布了RS II，这是一种更新的测序仪器，比原始RS具有更长的读长和更高的通量。
- 2011
PacBio RS商业发布
[1]该公司的第一台商业测序仪器在初步有限客户介绍后广泛可用。
- 2010
首次公开募股
[1]PacBio在纳斯达克以股票代码PACB完成首次公开募股，并向选定的客户提供早期PacBio RS仪器。
- 2004
公司成立
[1]太平洋生物科学公司由结合光子学、半导体加工和生物技术的研究成立；早期企业以Nanofluidics, Inc.的名义运营。
产品与定位
一家专业的基因组学技术提供商，以长读长测序、高保真序列数据以及旨在解决短读长方法难以表征的复杂基因组结构的平台而差异化。
测序仪器 · 2010
PacBio RS
PacBio的第一台商业测序平台。它使用SMRT技术和零模波导在单分子水平观察DNA合成。该仪器于2010年引入有限客户群，并于2011年初商业发布，确立了PacBio的仪器、试剂和一次性SMRT Cell商业模式。
测序仪器 · 2013
PacBio RS II
RS II是PacBio SMRT测序仪器的第二代主要产品。它于2013年推出，旨在提高比原始RS更长的读长和更高的通量，并支持基因组组装、微生物测序和复杂基因组区域分析等应用。
测序仪器 · 2015
Sequel系统
Sequel系统于2015年推出，将PacBio的长读长技术转移到更小的仪器外形，同时增加容量并降低相对于RS II的价格。它由公司的SMRT Cell耗材和SMRT Link软件环境支持。
测序仪器
Sequel II和Sequel IIe
Sequel II代扩展了Sequel平台，提高了长读长测序的性能和准确性。Sequel IIe增加了更集成的计算和分析能力，帮助实验室在更广泛的仪器到结果工作流程中处理和解释测序数据。
高通量测序仪器 · 2022
Revio
Revio是PacBio的高通量长读长测序系统，于2022年推出。它旨在使准确的长读长测序对于更大的项目（包括群体规模和人类基因组应用）变得实用，通过增加与早期PacBio系统相比的年测序容量。
测序耗材
SMRT Cell
SMRT Cell是与PacBio仪器一起使用的一次性测序耗材。它们包含零模波导阵列，其中观察单个DNA聚合酶反应。新一代使用比早期细胞更密集的阵列，支持每次测序运行更高的通量。
生物信息学软件
SMRT Link
SMRT Link是PacBio的软件环境，用于管理测序仪器、运行、数据处理和分析工作流程。它取代了与RS平台相关的早期SMRT Analysis组织，并支持与Sequel系列和后续系统相关的应用。
争议事件
品牌决策
2022
推出Revio高通量测序系统新品背景
PacBio寻求通过提高通量和运营规模来扩大准确长读长测序的可寻址市场。
采取的行动
该公司推出了Revio作为新的测序系统，能够处理比早期PacBio平台更多的基因组材料。
后续影响
Revio成为PacBio支持更大规模人类基因组、群体基因组学和其他高容量测序项目的核心平台。
2018
接受Illumina的收购提议并购背景
Illumina和PacBio宣布了一项协议，根据该协议，Illumina将以约12亿美元现金收购PacBio。完成需要监管批准。
采取的行动
PacBio进入了拟议的交易，该交易随后由美国竞争当局审查。
后续影响
FTC于2019年12月提起诉讼阻止收购，交易于2020年1月被放弃。Illumina同意向PacBio支付9800万美元的终止费以及先前约定的延期付款。
Proposed acquisition value. Approximately $1.2 billion cash offer; transaction later terminated with a $98 million termination fee and $22 million plus $6 million in extension payments (2018-2020)
近期事件
PGI 对 PacBio 提起专利侵权诉讼[3]
报道日期：
Personal Genomics Taiwan, Inc.（PGI）在美国地区法院对 Pacific Biosciences of California, Inc.（PacBio）提起诉讼，指控 PacBio 的 Sequel 和 Sequel II 产品及相关商业化活动侵犯其美国专利第 7,767,441 号的权利要求。
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