OpenEye科学软件

OpenEye科学软件是一家美国科学软件公司，由Anthony Nicholls于1997年创立。该公司开发了一系列分子建模应用和软件工具包，主要专注于计算化学和计算机辅助药物发现。其工具旨在帮助研究人员生成、比较、可视化、优化和搜索分子结构，规模适用于制药和生物技术项目。 OpenEye的产品范围涵盖药物发现过程中的多个相关阶段。其软件可以生成合理的分子构象，检查分子形状和静电相似性，评估化学性质，准备蛋白质和配体，预测或分析对接姿态，并研究小分子与蛋白质结合位点之间的相互作用。其他功能包括晶体学精修、生物电子等排体识别、互变异构体和质子化状态枚举、分子渲染、力场优化以及化学结构集合的管理。这种广度使公司能够服务于专业计算化学家和更广泛的发现团队，将建模整合到药物化学工作流程中。 OpenEye产品组合的一个核心特点是科学建模与计算性能的结合。OMEGA、ROCS和FastROCS等产品专为快速三维构象生成和基于形状的搜索而设计，而OEDocking系列则处理分子对接和姿态预测。公司还强调可扩展性和平台独立性，使其应用适用于大型企业化合物集合和高通量虚拟筛选项目。部分产品组合中使用了GPU加速技术，特别是在高速形状和结合位点比较方面。 OpenEye还将其许多功能作为开发者工具包分发，而不仅仅是成品应用。这些库提供了化学信息学、分子数据处理、二维描绘、对接、静电学、分子性质计算、构象生成、形状比较、蛋白质准备和分子能量学等功能。工具包接口支持多种编程语言，包括C++、Python、Java和C#，使客户和研究团队能够构建定制的科学应用和自动化工作流程。 该公司一直保持独立，直到Cadence Design Systems于2022年9月以据报道5亿美元的价格收购了它。交易完成后，该业务更名为OpenEye Cadence Molecular Sciences，并成为Cadence的一个业务部门。此次收购将Cadence的电子设计和工程软件组合扩展到了分子建模和计算药物发现领域。因此，OpenEye的技术在Cadence的所有权下继续发展，而OpenEye名称仍与公司开发的分子科学软件产品和研究能力相关联。

OpenEye科学软件由Anthony Nicholls于1997年在美国成立。从一开始，该公司就专注于分子建模和计算化学在药物研究中的应用。OpenEye并没有将自己定位为通用企业软件提供商，而是构建了用于表示、搜索、比较、优化和解释化学及生物结构的专业应用。 公司的产品组合围绕计算机辅助药物发现的实际需求发展。研究人员可以使用其应用生成分子构象，评估形状和静电相似性，根据化学或物理性质过滤化合物，准备分子结构，研究蛋白质结合位点，并评估可能的配体取向。这创建了一个涵盖化学信息学、分子可视化、对接、配体优化和基于结构设计的互联工具集合。 三维分子分析成为OpenEye身份的重要组成部分。OMEGA支持线性和大环分子的快速构象生成。ROCS使用三维形状比较来识别化学相关的类似物，而FastROCS应用GPU导向的加速技术，能够快速搜索大型化合物集合。EON将相似性分析扩展到静电比较。这些技术共同支持虚拟筛选和配体设计策略，研究人员在其中搜索具有所需形状、电荷分布或分子特征组合的化合物。 OpenEye还开发了对接和蛋白质-配体建模能力。OEDocking系列包括用于快速对接的FRED、用于配体引导对接的HYBRID以及用于配体引导姿态预测的POSIT。其他应用涉及结合位点中的水相互作用、分子能量学、电荷分配、互变异构体枚举和基于力场的优化。SZMAP、QUACPAC和SZYBKI等工具旨在帮助研究人员理解或改善分子相互作用，而不仅仅是产生结构描绘。 业务的第二个主要分支是其工具包策略。OpenEye通过可重用的编程库提供了许多核心功能。OEChem TK处理分子和三维化学数据；OEDepict TK支持二维渲染；GraphSim TK提供指纹和相似性功能；专门的工具包处理对接、形状分析、静电学、构象生成、蛋白质准备、结合位点比较、分子表面和泊松-玻尔兹曼计算。C++、Python、Java和C#接口允许研究组织将技术整合到专有管道、实验室信息系统和定制发现应用中。 该公司的软件以强调科学严谨性、速度、可扩展性和平台独立性为特点。其客户和用户包括制药和生物技术研究人员以及学术和其他科学组织。VIDA等应用提供了查看和分析分子集合的图形环境，而工具包使组织能够自动化或扩展相同的底层功能。 2022年9月，Cadence Design Systems以据报道5亿美元的价格收购了OpenEye科学软件。这笔交易将OpenEye的计算分子科学技术带入了Cadence，一家历史上与电子设计和工程软件相关的公司。收购后，OpenEye更名为OpenEye Cadence Molecular Sciences，并作为Cadence的一个业务部门运营。这笔交易标志着OpenEye作为独立公司时期的结束，但继续了其在Cadence更广泛技术组合中的分子建模活动。

• 2022

  Cadence完成收购

  [1]OpenEye Scientific Softwareen.wikipedia.org

  Cadence Design Systems于9月以据报道5亿美元的价格收购了OpenEye。

• 2022

  业务成为OpenEye Cadence Molecular Sciences

  [1]OpenEye Scientific Softwareen.wikipedia.org

  收购后，OpenEye更名为并作为Cadence的分子科学业务部门运营。

• 2013

  OpenEye工具包和应用开发持续进行

  [1]OpenEye Scientific Softwareen.wikipedia.org

  当代行业参考文献记录了OpenEye科学应用及相关化学信息资源持续发布和更新。

• 1997

  OpenEye科学软件成立

  [1]OpenEye Scientific Softwareen.wikipedia.org

  Anthony Nicholls在美国创立了OpenEye科学软件，以开发计算化学和分子建模软件。

面向制药、生物技术、学术和化学研究组织的科学、性能导向、可扩展且平台独立的计算化学软件。

• 基于形状的化学相似性

  ROCS

  ROCS执行快速的三维分子形状搜索。它用于通过空间形式和相关的分子特征比较化合物，帮助研究人员识别即使二维化学结构不同但与参考配体相似的类似物或筛选候选物。

• GPU加速形状搜索

  FastROCS

  FastROCS扩展了快速三维形状比较以进行大规模搜索，使用GPU技术加速化合物集合的检查。它适用于虚拟筛选和其他需要在大量分子数据库中进行重复形状比较的工作流程。

• 构象生成

  OMEGA

  OMEGA生成用于分子建模和虚拟筛选的分子构象。其范围包括线性和大环分子，为研究人员提供合理的三维排列集合，用于后续的形状比较、对接、相似性分析和药物化学研究。

• 分子对接

  OEDocking

  OEDocking是一系列分子对接工具，用于检查蛋白质结合位点中可能的配体取向。该系列包括用于快速对接的FRED、用于配体引导对接的HYBRID以及用于配体引导姿态预测的POSIT，支持基于结构的药物设计工作流程。

• 静电相似性分析

  EON

  EON使用静电描述符和叠加技术比较分子。它通过帮助研究人员找到具有相似电荷和静电特性的化合物来补充基于形状的搜索，这在类似物发现和配体替换项目中很有用。

• 分子电荷和互变异构体处理

  QUACPAC

  QUACPAC处理涉及小分子和蛋白质的互变异构体、质子化状态和电荷分配的分子状态准备任务。这些操作有助于在对接、相似性分析、性质计算和其他计算化学程序之前标准化结构。

• 结合位点水分析

  SZMAP

  SZMAP分析蛋白质结合区域中的水分子位点。通过检查水介导的相互作用和水合特征，它可以帮助研究人员评估配体结合并在基于结构的设计中识别提高效力的机会。

• 分子能量学和优化

  SZYBKI

  SZYBKI提供快速的基于力场的优化和能量分析，适用于气相、溶液或蛋白质活性位点中的配体。它旨在帮助研究人员在计算药物设计工作中优化分子结构并检查能量上有利的排列。

• 分子可视化和分析

  VIDA

  VIDA是一个用于可视化、分析和管理分子结构及相关信息集合的图形环境。它为研究人员提供了一种交互式方式来检查化合物、评估建模结果以及处理企业或研究化学集合。

• 科学软件开发库

  OpenEye科学软件工具包

  OpenEye的工具包组合提供了可重用的库，用于分子数据处理、化学信息学、渲染、对接、静电学、形状比较、构象生成、蛋白质准备、分子表面、结合位点比较、性质计算和分子能量学。OEChem TK、OEDepict TK、OEDocking TK、FastROCS TK、Lexichem TK、MolProp TK、Spruce TK和Zap TK等工具包支持C++、Python、Java和C#中的定制应用。

• 2022

  接受Cadence Design Systems的收购并购

  背景

  OpenEye开发了专门的计算化学和分子建模应用及工具包组合，用于药物发现。

  采取的行动

  Cadence Design Systems于2022年9月以据报道5亿美元的交易收购了OpenEye，并将OpenEye置于Cadence的分子科学活动中。

  后续影响

  公司更名为OpenEye Cadence Molecular Sciences，并继续作为Cadence的业务部门运营，而不是作为独立公司。

  Reported acquisition consideration. $500 million (September 2022)

  来源

1. 1OpenEye Scientific Softwareen.wikipedia.org
2. 2OpenEye Python Toolkit Introductiondocs.eyesopen.com