CLC bio

CLC bio 是一家丹麦生物信息学软件公司，成立于奥胡斯，于2005年1月1日开始商业运营。该公司开发用于分析生物数据的软件，服务于学术机构、生物技术及相关生命科学领域的研究人员和组织。其产品旨在通过图形用户界面以及命令行、应用程序编程和企业级工具，使复杂的计算生物学工作流程易于使用。 该公司的核心平台支持基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学相关应用、结构生物学和微生物研究等领域的工作。功能包括高通量测序读段比对、从头组装、变异和结构变异检测、RNA测序分析、ChIP-seq、小RNA分析、基因组完成、通路分析以及生物数据集的可视化和比较。CLC bio 还开发了专有算法并加速了现有方法的实现，包括使用SIMD技术，以及早期硬件活动中使用的现场可编程门阵列。 公司产品策略的一个显著方面是将专业生物信息学功能与可视化工作流环境相结合。大约在2010年，CLC bio 被描述为早期商业生物信息学平台之一，提供用于构建、管理和部署分析工作流的图形系统。其软件产品组合可用于Mac OS X、Windows和Linux等桌面操作系统，后来被组织成针对基因组学和通路分析等领域的主题工作台和插件。该平台还提供了命令行工具、SOAP和REST接口，并随后支持容器化工具。 CLC bio 在2000年代末和2010年代初扩展到丹麦以外。到2012年，它在马萨诸塞州剑桥、东京、台北和德里设有办事处或业务。其员工具有浓厚的研究背景，相当比例拥有博士学位，公司报告称其用户社区在学术和生物技术领域约有25万人。产品开发部分通过与从事资助项目的研究人员合作得到支持。 凯杰（QIAGEN）于2013年收购了CLC bio。此次收购将CLC bio的软件和生物信息学能力纳入凯杰的产品组合。2014年，CLC bio 与其他收购的平台一起并入凯杰的生物信息学研发组织。因此，CLC bio 公司实体不再作为独立公司运营，尽管CLC品牌的技术和后续产品继续存在于凯杰的生物信息学活动中。与CLC技术相关的后续平台开发包括通过CLC Genomics Cloud Engine实现基于云的工作流执行，该引擎于2017年为Amazon Web Services推出，随后于2019年支持AWS GovCloud，并于2020年实现从CLC Genomics Workbench桌面到云的工作流执行。

CLC bio于2005年1月1日在丹麦奥胡斯开始商业活动。其业务以生物信息学和生物数据计算分析软件为中心。产品开发不仅得到常规商业工作的支持，还通过与参与资助项目的研究人员合作得到支持。这有助于将公司的工程工作与学术和生物技术研究的实际需求联系起来。 该公司为Mac OS X、Windows和Linux桌面以及企业级和后来的云部署开发了多环境软件组合。其平台处理广泛的生物分析任务，包括测序数据处理、读段比对、从头组装、变异发现、结构变异分析、RNA-Seq、ChIP-seq、小RNA分析、基因组完成、微生物基因组学、通路分析以及基因组、转录组和表观基因组信息的可视化。随着产品组合的扩展，功能被组织成服务于不同研究领域的专业工作台和插件。 CLC bio的差异化部分在于努力通过可视化界面使高级计算工作流易于使用。大约在2010年，它被公认为早期商业生物信息学平台之一，提供用于组装、管理和部署工作流的图形环境。该公司还提供命令行工具、SOAP和REST API，后来支持容器化工具。除了自己的算法外，CLC bio还提供了现有方法的加速实现，包括基于SIMD的软件和早期面向FPGA的高性能计算解决方案，用于HMMER、Smith-Waterman和ClustalW等算法。硬件导向的产品后来被停产。 到2012年，CLC bio已扩展其国际业务，在剑桥、东京、台北和德里设有办事处。其员工主要来自研究背景，公司报告称约30%的员工拥有博士学位。当时，其用户群估计在学术机构和生物技术公司中约有25万人，表明该平台已超越狭窄的专业领域。 凯杰于2013年收购了CLC bio。该交易结束了CLC bio的独立公司发展，并将其软件纳入凯杰的生物信息学组合。2014年，CLC bio与其他几个收购的平台一起并入凯杰的生物信息学研发部门。CLC技术随后通过凯杰相关的产品和开发活动继续存在。 云计算成为该平台演进的后期阶段。2017年，CLC Genomics Cloud Engine作为命令行驱动的服务推出，用于在Amazon Web Services上运行生物信息学工作流。该服务于2019年适配了AWS GovCloud。2020年，一个免费插件支持直接从桌面CLC Genomics Workbench在AWS上执行。这些发展将原始的桌面和企业工作流模型扩展到可扩展的云执行，同时保留了平台对可重复、可配置分析流程的重视。

• 2020

  为CLC Genomics Workbench发布AWS插件

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  一个免费插件允许桌面Workbench用户在AWS上执行工作流。

• 2019

  增加AWS GovCloud支持

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  该云平台已适配并获准在AWS GovCloud中使用。

• 2017

  推出CLC Genomics Cloud Engine

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  CLC bio推出了一款云平台，用于在Amazon Web Services上以命令行方式执行生物信息学工作流。

• 2014

  并入凯杰的生物信息学研发部门

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  CLC bio与其他收购的平台一起并入凯杰的生物信息学研发组织。

• 2013

  被凯杰收购

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  凯杰收购了CLC bio，并将其生物信息学能力纳入凯杰的产品组合。

• 2012

  建立国际办事处网络和用户群

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  公司在剑桥、东京、台北和德里设有额外办事处，报告称在学术和生物技术组织中的用户群约为25万。

• 2010

  图形化工作流平台成为标志性能力

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  CLC bio的商业平台提供了用于构建、管理和部署生物信息学工作流的图形环境，同时支持命令行和API访问。

• 2005

  在奥胡斯开始商业活动

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  CLC bio在丹麦奥胡斯开始商业运营，专注于生物数据分析软件。

以研究为导向的生物信息学软件，将广泛的生物数据分析能力与易用的可视化工作流、命令行访问、可编程接口以及可扩展的企业或云执行相结合。

• 桌面生物信息学软件

  CLC Genomics Workbench

  CLC Genomics Workbench是该公司主要的面向桌面的生物数据分析环境。它提供了用于构建和运行工作流的图形界面，并支持序列数据处理、读段比对、从头组装、变异分析、RNA-Seq、微生物基因组学和可视化等研究任务。该环境旨在使复杂分析对研究人员易于使用，同时保留命令行和可扩展性选项。后来的AWS插件将桌面工作流体验连接到云执行。

• 生物信息学应用模块

  CLC工作台和插件

  随着CLC bio扩展其软件能力，平台被划分为主题工作台和插件。这些模块将工具分组用于基因组学、通路分析和其他组学学科等领域。功能涵盖测序分析、基因组完成、结构变异检测、转录组和表观基因组分析、微生物研究、结构生物学和比较可视化。

• 云生物信息学平台 · 2017

  CLC Genomics Cloud Engine

  CLC Genomics Cloud Engine是一个命令行驱动的平台，用于在Amazon Web Services上执行生物信息学工作流。它将CLC bio的工作流模型从本地和企业计算扩展到云基础设施。该平台后来支持AWS GovCloud，桌面用户可以通过CLC Genomics Workbench的插件访问AWS执行。

• 生物信息学加速硬件

  基于FPGA的高性能计算解决方案

  CLC bio最初提供使用FPGA技术加速计算生物学算法的高性能计算解决方案，包括HMMER、Smith-Waterman和ClustalW实现。这些硬件导向的产品补充了公司的软件研究，但后来不再开发。

• 2017

  推出CLC Genomics Cloud Engine新品

  背景

  对可扩展云基础设施的需求为将CLC bio的工作流软件扩展到桌面和企业部署之外创造了机会。

  采取的行动

  CLC bio推出了一款命令行驱动的服务，用于在Amazon Web Services上运行生物信息学工作流。

  后续影响

  该平台后来获得了AWS GovCloud支持，并通过CLC Genomics Workbench插件实现了桌面集成。

  来源

• 2013

  凯杰收购并购

  背景

  CLC bio已开发出大量的生物信息学软件组合和国际用户群，服务于学术和生物技术研究人员。

  采取的行动

  凯杰收购了CLC bio，并将其软件和能力纳入其更广泛的生命科学技术组合。

  后续影响

  CLC bio不再作为独立公司运营，其活动随后整合到凯杰的生物信息学研发组织中。

  来源

1. 1CLC bioen.wikipedia.org