ATUM

ATUM是一家美国生物技术合同研究组织，总部位于加利福尼亚州纽瓦克。该公司为生物技术公司、制药开发商、学术实验室和政府组织提供基因合成、蛋白质工程、蛋白质表达、细胞系开发及相关生物信息学服务。其工作支持生物治疗药物、酶、研究蛋白质及其他工程生物产品的发现、表征和制造。 该业务于2003年在门洛帕克以DNA2.0的名义开始，最初专注于合成基因生产。其早期产品的核心部分是计算密码子优化：由于多个DNA密码子可以编码相同的氨基酸，软件可以选择更可能在选定宿主生物中高效表达的序列。DNA2.0为此开发了算法，后来以GeneGPS的名义将其商业化。该公司成为从传统分子克隆向定制基因合成转变的一部分，有时被称为生物技术铸造厂的出现。 DNA2.0通过科学和媒体报道扩大了其知名度。其密码子设计算法在2009年被《科学家》杂志评为生命科学创新。该公司还出现在包括PBS Nova ScienceNow和Dan Rather Reports在内的节目中，讨论了合成生物学和设计DNA的实际创造。2008年，DNA2.0提供了用于构建合成细菌基因组的工作中使用的DNA片段。 该公司在2010年代扩大了其能力。2015年增加了蛋白质表达服务，2016年DNA2.0收购了Molecular Immunology General Solutions（MIGS），一家与机器学习方法相关的抗体表达公司。收购后，DNA2.0采用了ATUM的名称。更名后的组织将序列设计、蛋白质工程、表达优化和细胞系开发整合到一个综合服务模式中。 ATUM的技术组合围绕计算设计和生物生产系统构建。GeneGPS用于基因设计、蛋白质表达和细胞系项目，而ProteinGPS将相关的计算方法应用于蛋白质表达和特性，如抗体或酶性能。该公司还开发了基于转座酶的整合系统、哺乳动物表达平台、抗体工程工具、克隆系统和研究软件。 ATUM仍为私营企业，并在加利福尼亚州（包括纽瓦克）进行研究、开发和生产。其客户和合作者涵盖药物发现、生物制品制造、工业生物技术、学术研究和公共部门科学。该公司还参与教育和研究合作，包括支持BioBuilder以及与HIV疫苗研究、植物基药物、抗体发现、微生物菌株开发和工业酶工程相关的合作。

ATUM于2003年在加利福尼亚州门洛帕克以DNA2.0的名义成立。其最初的业务集中在合成基因生产，当时基因合成正成为手动克隆DNA片段的实用替代方案。DNA2.0并未将合成视为纯制造服务，而是强调计算序列设计。其软件评估替代密码子并选择旨在提高所需蛋白质在特定生物宿主中表达的序列。 这项工作与GeneGPS相关联，GeneGPS是一个用于优化基因以进行下游表达的平台和设计方法集。该方法解决了基本基因合成的一个重要限制：序列在化学上可能是正确的，但一旦引入活细胞，其性能可能不佳。通过将序列设计与预期表达行为联系起来，DNA2.0将自己定位为研究人员开发蛋白质、基因和生物生产系统的技术驱动型合作伙伴。 在合成生物学发展期间，该公司获得了关注。2008年，DNA2.0提供了用于涉及合成细菌基因组的研究的DNA片段。它还在公共科学节目中亮相，包括PBS Nova ScienceNow和Dan Rather Reports，向普通观众展示了基因合成和合成生物学。2009年，《科学家》杂志将该公司的密码子设计算法评为值得注意的生命科学创新。 DNA2.0的业务随后超越了合成DNA的交付。2015年，它增加了蛋白质表达能力，使客户能够从设计序列进入实验生产和表征。2016年，该公司收购了Molecular Immunology General Solutions（MIGS），一家总部位于新罕布什尔州的组织，与抗体表达的机器学习方法相关。交易后，DNA2.0将其公司身份更改为ATUM，反映了一个涵盖计算设计、蛋白质工程和细胞生物学的更广泛平台。 在ATUM名下，该公司开发或商业化了一些系统，用于将基因整合到宿主细胞中、生产抗体和其他蛋白质，以及支持生物制品开发。其Leap-In Transposase技术使用转座子介导的整合将感兴趣的基因置于细胞系中，旨在获得比随机整合方法更可靠的表达。相关产品包括miCHO和discoCHO，两者均基于CHO细胞生物学，但用于不同的开发阶段。ATUM还推出了用于抗体组装和筛选的工具，包括用于双特异性抗体轻链配对的Lock-In和用于瞬时表达和早期表征的lightningHEK。 该公司的产品组合包括计算和实验室工具以及收费服务。Gene Designer支持序列设计、克隆和验证；其CRISPR相关工具协助指导RNA设计；DNA ATLAS提供质粒作图和注释功能。ProteinGPS将该公司的计算方法扩展到蛋白质特性和表达，支持抗体和酶工程项目。 ATUM与学术机构、生物制药公司和工业生物技术组织合作。据报道的合作包括宾夕法尼亚大学基因治疗项目（HIV-1疫苗相关表达工作）、伦敦圣乔治大学（植物基药物）、Adimab（抗体库和生物制造）、Cytovance Biologics（微生物菌株开发）和阿彻丹尼尔斯米德兰公司（工业酶工程）。ATUM还赞助了BioBuilder，这是一个与合成生物学教学相关的教育倡议。 该公司为私营企业。其研究、开发和生产活动仍以加利福尼亚州为基地，纽瓦克作为其总部和主要设施所在地。ATUM目前的身份是综合性的生物技术合同研究和开发提供商，而不是单一产品的基因合成供应商。

• 2016

  收购MIGS并更名为ATUM

  [1]ATUMen.wikipedia.org

  DNA2.0收购Molecular Immunology General Solutions，随后更名为ATUM。

• 2015

  增加蛋白质表达服务

  [1]ATUMen.wikipedia.org

  DNA2.0将其服务组合从基因合成和序列设计扩展到蛋白质表达。

• 2009

  密码子设计算法获得行业认可

  [1]ATUMen.wikipedia.org

  《科学家》杂志将DNA2.0的密码子设计算法评为值得注意的生命科学创新。

• 2008

  DNA2.0为合成基因组研究贡献DNA片段

  [1]ATUMen.wikipedia.org

  DNA2.0提供了用于构建合成细菌基因组的工作中使用的DNA片段。

• 2003

  DNA2.0成立

  [1]ATUMen.wikipedia.org

  公司在加利福尼亚州门洛帕克成立，最初作为基因合成业务运营。

一家综合性的合成生物学和生物技术服务提供商，将机器学习辅助的序列设计与基因合成、蛋白质表达、细胞工程和生物制品开发相结合。

• 基因设计与密码子优化

  GeneGPS

  GeneGPS是ATUM的计算基因设计平台和方法论，用于选择旨在提高所选宿主中蛋白质表达的DNA序列。它利用遗传密码的冗余性来评估替代密码子选择，并支持从基因合成到蛋白质表达和细胞系开发的项目。该平台反映了ATUM将序列构建与下游生物学性能联系起来的努力，而不是将基因合成视为孤立的制造步骤。

• 蛋白质工程

  ProteinGPS

  ProteinGPS将计算设计方法应用于蛋白质表达和特性。ATUM将其用于涉及抗体和酶的专业蛋白质工程工作，其中序列选择可能影响表达、稳定性、活性或其他开发属性。该产品将公司最初的序列优化能力扩展到更广泛的蛋白质开发项目。

• 细胞系工程

  Leap-In Transposase

  Leap-In Transposase是一种基因整合系统，旨在通过转座酶介导的机制将感兴趣的基因插入宿主细胞系。该系统旨在提供比传统随机整合工作流程更可控和可重复的整合和表达。ATUM将其定位用于生物制品开发和制造应用，特别是在需要稳定生产细胞系的情况下。

• 哺乳动物细胞系

  miCHO

  miCHO是一种CHO-K1衍生的宿主细胞平台，设计用于与Leap-In转座酶整合一起使用。中国仓鼠卵巢细胞广泛用于重组生物制品，miCHO旨在为整合和表达治疗性蛋白质提供开发就绪的细胞背景。它构成了ATUM将载体技术与兼容生产宿主相结合的更广泛努力的一部分。

• 瞬时表达系统

  discoCHO

  discoCHO是一种CHO-K1瞬时表达系统，旨在在早期开发工作中模拟制造导向细胞系的特性。它可以帮助研究人员检查关键质量属性，并在投入完整的制造细胞系开发计划之前观察其行为。该系统旨在缩短早期蛋白质生产与后期工艺开发之间的反馈循环。

• 双特异性抗体平台

  Lock-In

  Lock-In是一个抗体工程平台，旨在解决双特异性抗体中的轻链错配问题。双特异性分子包含必须正确组装以产生预期产品的组件，不正确的配对可能降低产量或使纯化复杂化。ATUM开发了Lock-In以支持具有改进组装行为的双特异性格式的设计和构建。

• 瞬时抗体表达

  lightningHEK

  lightningHEK是一种基于HEK细胞的瞬时抗体表达服务，用于筛选和早期表征。它旨在将抗体序列（包括计算生成的或虚拟序列）转化为适合高通量可开发性测试的小量可表达蛋白质。这支持在更广泛的细胞系和制造工作之前对序列质量进行早期决策。

• 分子克隆系统

  Electra Vector System

  Electra Vector System是一种基于Type IIS限制酶SapI和T4 DNA连接酶的单管反应的克隆工作流程。它旨在简化遗传构建体的组装，并为构建用于研究和生物技术开发的载体提供标准化方法。

• 合成荧光蛋白

  ProteinPaintbox

  ProteinPaintbox是一组通过ProteinGPS相关的蛋白质工程工作开发的显色和合成荧光蛋白。相关的DNA部分已通过开放获取的生物部分资源提供，使研究人员和教育工作者能够在合成生物学实验和演示中使用工程荧光蛋白。

• 生物信息学软件

  Gene Designer

  Gene Designer是一个免费的软件包，用于设计、克隆和验证遗传序列。它适用于需要规划构建体、检查序列特征并为实验工作准备DNA设计的分子生物学家。

• 质粒作图软件

  DNA ATLAS

  DNA ATLAS是一个在线质粒作图工具，显示载体序列中的启动子、选择标记、限制性位点和开放阅读框等特征。它为分析和记录DNA构建体提供了视觉辅助。

• BioBuilder赞助

  United States · Global education

  ATUM赞助了BioBuilder，这是一个教育倡议，为初中和高中学生及教育工作者提供动手活动和教学材料，用于教授合成生物学。

  结果. 该赞助支持了更广泛地获取合成生物学教育资源；引用材料中未报告具体的活动指标。

  来源

• 2016

  收购Molecular Immunology General Solutions并购

  背景

  MIGS带来了与机器学习方法相关的抗体表达能力，补充了DNA2.0的基因设计和合成业务。

  采取的行动

  DNA2.0收购了MIGS，随后更名为ATUM。

  后续影响

  该交易将公司的定位扩展到综合蛋白质工程、抗体表达和细胞系开发。

  来源

• 2015

  从基因合成扩展到蛋白质表达战略

  背景

  DNA2.0最初的定位集中在合成基因生产和计算序列设计，而客户还需要支持生产和评估所得蛋白质。

  采取的行动

  公司增加了蛋白质表达能力，以扩大其在生物技术开发项目中的作用。

  后续影响

  这一扩展为后来的蛋白质工程、抗体开发和细胞系工程服务奠定了基础。

  来源

• 尚未确定

  Visaka 的 ATUM 光伏组件获得 IEC 认证[3]Visaka 的 ATUM 光伏组件获得 IEC 认证economictimes.indiatimes.com

  报道日期：2020-01-24

  Visaka 表示，其 ATUM 太阳能光伏组件通过了最新国际电工委员会及 UL 标准规定的测试，并获得全球 IEC 认证。

1. 1ATUMen.wikipedia.org
2. 2ATUM official websiteatum.bio
3. 3Visaka 的 ATUM 光伏组件获得 IEC 认证economictimes.indiatimes.com