安德鲁·达尔克科学有限公司

安德鲁·达尔克科学有限公司（Andrew Dalke Scientific AB）是一家位于瑞典哥德堡的小型专业化学信息学公司。公司由安德鲁·达尔克于2000年在美国新墨西哥州圣菲创立，最初是一家咨询机构，并于2007年随创始人迁至瑞典。公司自述其目标是开发帮助研究人员用更少时间完成更多科研工作的软件系统，重点为计算生命科学（尤其是化学信息学）提供易用的工具与培训。 公司的业务由两个互补部分组成。第一，分销并支持自有软件产品：用于化学指纹的 chemfp 工具包和用于匹配分子对分析的 mmpdb 工具。第二，为化学信息学和生物信息学客户提供定制软件开发，并面向计算化学家提供 Python 培训。这种产品授权、定制开发与培训相结合的模式，是精品科学软件咨询公司的典型特征。 创始人的背景塑造了公司的技术特色。安德鲁·达尔克于1992年开始从事计算生命科学工作，参与共同开发 CHARMm 的并行版本，之后在伊利诺伊大学 Klaus Schulten 的研究组工作，是 VMD 和 NAMD 最初团队的成员，并担任 VMD 主要开发者两年。他随后进入商业软件领域，在 Molecular Applications Group 参与 Look/GeneMine 和 DiscoveryBase，与 Jeff Chang 共同创立 Biopython，并担任开放生物信息学基金会（Open Bioinformatics Foundation）秘书。他是 Python 软件基金会的成员，并在众多 Python 会议上发表演讲。他的化学信息学工作始于 Bioreason，在那里他开发了 PyDaylight——Daylight 工具包的高层接口。 由于公司为私人持股、由创始人拥有，因此不公布财务业绩，也没有庞大的公开产品目录。其知名度主要来自开源与商业化学信息学工具、培训服务以及公开讨论过的咨询项目。其中一个项目是 C-Lab——阿斯利康内部的描述符与模型预测网络应用，安德鲁·达尔克为其开发了 PyDrone 后端组件。公司网站的版权声明覆盖2001年至2020年，反映出公司在同一创始人领导下持续运营约二十年。

安德鲁·达尔克科学有限公司的发展源于其创始人安德鲁·达尔克在计算生命科学领域的职业生涯。达尔克于1992年通过参与共同开发 CHARMm 的并行版本进入该领域，CHARMm 是一款广泛使用的分子动力学程序。随后他进入伊利诺伊大学 Klaus Schulten 的研究组攻读研究生，是 VMD 和 NAMD 最初团队的成员，并担任 VMD 主要开发者两年。这些项目后来成为分子可视化与模拟领域的基础工具。 达尔克在 Molecular Applications Group 进入商业软件开发，参与 Look/GeneMine，随后担任 DiscoveryBase 的主要开发者。DiscoveryBase 是一款交钥匙式内网应用，整合了多个生物信息学数据库与分析工具。编写数千行 Perl 代码的经历使他确信 Python 是更适合此类工作的语言。他与 Jeff Chang 共同创立了 Biopython，后来担任开放生物信息学基金会（Open Bioinformatics Foundation）秘书。他也是 Python 软件基金会的成员，并在众多 Python 会议上发表演讲。 离开 Molecular Applications Group 后，达尔克在 Bioreason 工作，该公司利用机器学习分析高通量化学筛选。正是在那里，他进入化学信息学领域，并开发了 PyDaylight——Daylight 工具包的高层接口。2000年，他在美国新墨西哥州圣菲创立了自己的咨询公司，主要为早期药物研发开发定制内部软件。2007年，他与公司迁至瑞典哥德堡，这里现已成为公司的基地。 公司的公众形象建立在一小组产品与服务之上。它分销用于化学指纹的 chemfp 工具包和用于匹配分子对分析的 mmpdb 工具，为化学信息学和生物信息学开发定制软件，并面向计算化学家提供 Python 培训。少数公开讨论过的咨询项目之一是 C-Lab——阿斯利康内部的描述符与模型预测网络应用，安德鲁·达尔克为其开发了 PyDrone 后端组件。公司网站的版权声明覆盖2001年至2020年，表明公司已持续运营约二十年。

• 2007

  安德鲁·达尔克与公司迁至瑞典哥德堡。

• 2000

  安德鲁·达尔克在美国新墨西哥州圣菲创立自己的咨询公司，主要为早期药物研发开发定制内部软件。

• 1992

  安德鲁·达尔克开始从事计算生命科学工作，参与共同开发 CHARMm 的并行版本。

一家由创始人领导的精品化学信息学软件与咨询公司，为计算生命科学研究者提供专业工具（chemfp、mmpdb）、定制开发与 Python 培训。

• chemfp

  用于化学指纹的工具包，由安德鲁·达尔克科学有限公司分销。

• mmpdb

  用于匹配分子对分析的工具。

• PyDrone

  由安德鲁·达尔克为 C-Lab 开发的后端组件；C-Lab 是阿斯利康内部的描述符与模型预测网络应用。

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